Suprianto, S.Pd Berbagi Manfaat Biologi Informatika tentang EV-A71

Di edisi kali ini, awak Media Tadulako berkesempatan untuk berbincang dengan Suprianto, S.Pd alumni  2016 mahasiswa Pendidikan Biologi, Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP), Universitas Tadulako (Untad), terkait penelitiannya di bidang Biologi Informatika tentang EV-A71.

Adr-Dialog-akademik-400×570-1-211×300.jpg

Latar belakang dari penelitian ini sebenarnya lebih kepada fenomena yang ditimbulkan oleh virus polio, apalagi virus polio juga menjadi masalah global. Banyak riset terdahulu yang menjelaskan mengenai virus polio tapi tidak dengan pendekatan biologi informatika. Hal itu jarang dilakukan, karena minimnya pengetahuan dasar tentang analisis in silico, selain itu virus polio banyak jenisnya, dibagi menjadi beberapa jenis dan terdiri dari tujuh genogroups A-G seperti jenis Enterovirus A71 (EV-A71).

Apa yang Anda teliti?

Jadi jenis yang saya teliti itu namanya EV-A71, kenapa sampai itu, karena jenis ini cukup jarang diteliti di tingkat molekuler, terus proteinnya yang saya teliti itu VP1 namanya. Kenapa karena VP1 berperan penting dalam pathogenesis, memiliki ciri khas sebagai pengendali utama entri seluler sel virus. Jadi uniknya dia memainkan kunci dalam patogenesis, memiliki virus polio, makanya peneliti sangat tertarik untuk mengkaji hal tersebut.

Sasaran penelitiannya itu lebih kepada karakter molekuler, khususnya struktur 3 dimensi protein untuk menjelaskan sifat dan fungsi biokimia protein secara detail. Tujuannya untuk memprediksi struktur 3 dimensi protein structural VP1 pada EV-A71 menggunakan Swiss Model.

Metode apa yang Anda lakukan dalam penelitian?

Dalam penelitian saya menggunakan analisis secara in silico, menggunakan metode komputasi. Untuk tahapan-tahapan penelitiannya ada beberapa tahap yang harus saya lakukan. Pertama penentuan sekuen target. Penentuan sekuen target dilakukan dengan cara menelusuri situs UniProt untuk mendapatkan sekuen protein target dengan identity 50%. Kode akses protein dengan identity 50% akan mempermudah dalam menentukan sekuen target yang belum ditentukan struktur tiga dimensinya proteinnya. Hasil penelusuran protein target dengan kode akses yang diperoleh akan diuji coba menggunakan situs PDB untuk membuktikan apakah protein dengan kode akses tersebut telah dibangun struktur tiga dimensi proteinnya. Selanjutnya mengunduh sekuen protein target dalam format fasta.

Kedua, penentuan sekuen template menggunakan swiss model dengan memasukan sekuen protein target pada upload target sequence file. Selanjutnya memilih menu search for template untuk mendapatkan template yang akan digunakan. Template dipilih berdasarkan nilai identity tertinggi untuk modelling struktur model.

Ketiga, analisis komposisi asam amino secara in-silico melalui beberapa tahapan, yaitu; melihat komposisi asam amino sekuen target menggunakan software BioEdit yang diakses secara offline, memilih sequence pada menu bar kemudian kllik protein pada sub menu, klik amino acid composition pada sub menu protein, dan komposisi asam amino ditampilkan secara otomatis dalam bentuk diagram.

Keempat, pemodelan struktur sekuen target yang memiliki beberapa tahapan, yaitu; mengakses tool modeling project yang disediakan oleh program SWISS-MODEL melalui chrome menggunakan laptop yang terkoneksi dengan jaringan internet, memilih user template pada tab modelling project dalam workspace SWISS-MODEL, memasukan sekuens target dalam bentuk fasta ke dalam modelling project bersama koordinat template, pengisisan data email address dan project title pada kolom setelah modelling project, submit “Build Model” pada SWISS-MODEL workspace, menunggu beberapa saat hingga 3D sekuen target terbangun.

Kelima, alignment sekuen protein target dan template, dengan beberapa tahap yaitu; melakukan alignment masing-masing sekuen menggunakan program SWISS-MODEL diakses secara online, alignment masing-masing sekuen ditampilkan dalam alignment model-template, dan hasil alignment dianalisis untuk melihat perbedaan variasi asam amino antara sekuen target dan template.

Keenam, kuantitas residu asam amino. Penilaian kualitas residu asam amino sekuen target dan template dianalisis menggunakan program SWISS-MODEL. Kualitas residu diperoleh dari hasil modelling  sekuen target menggunakan “user template”. Menganalisis kualitas residu dilakukan secara online dengan melihat nilai “Local Quality” masing-masing residu.

Terakhir, evalu, asi model. Evaluasi model dilakukan dengan dilakukan dengan penilaian struktur hasil modelling protein target menggunakan SWISS-MODEL dengan cara memilih “Structure Asessment” pada tampilan model result. Penilaian struktur dalam evaluasi model menjelaskan penilaian nilai identity, QMEAN, GMQE, Quality Estimate, Molprobity dan Ramachandran Plots.

Apa manfaat dari penelitian anda?

Manfaat dari penelitian sebenarnya cukup luas, di bidang akademik bisa menjadi referensi dasar dalam mempelajari ilmu yang berkaitan dengan biologi informatika, untuk memperoleh pengetahuan di tingkat molekuler secara praktis dan murah, karena biasanya butuh dana lebih dari 100 juta, untuk mempelajari sifat molekuler di laboratorium, seperti sequencing dan PCR. Penelitian seperti ini menjadi daya tarik bagi para peneliti seperti beberapa artikel seperti ini banyak dilakukan mahasiswa magister bahkan doktor, terbukti dengan beberapa referensi nasional bahkan internasional.

Manfaatnya di bidang kesehatan, hasil penelitian bisa dijadikan sebagai informasi dasar dalam mempelajari karakter genetik virus polio, khususnya pada EV-A71 melalui VP1 dan bisa menjadi kebutuhan dasar dalam informasi pengembangan desain vaksin virus polio.

Apa harapan Anda terhadap penelitian Anda?

Harapannya, saya berharap artikel ini bisa menjadi acuan bagi anak-anak muda yang giat menulis artikel khususnya di bidang sains dan teknologi untuk mengembangkan ilmu yang praktis seperti jenis penelitian yang saya lakukan tanpa mengeluarkan sepersen duit, jadi semuanya free. Dan hasil artikelnya juga tidak salah, bisa diperhitungkan, dengan bukti artikel   sejenis yang tembus nasional dan internasional. Adr

- A word from our sponsor -

spot_img

LEAVE A REPLY

Please enter your comment!
Please enter your name here